使用量子化学软件

本文介绍了Materials Studio在Windows下的安装
在Linux下Gamess、PyQuante、PySCF、Autodock、Gromacs和Castep的编译

Materials Studio

修改第一行的XXX为PC的设备名称

1	SERVER XXX ANY 27000

无论安装位置在什么地方，在安装完成后复制msi2019.lic到

1	C:\Program Files (x86)\BIOVIA\LicensePack\share\data

使用管理员权限打开License Administrator 2019
选择C:\Program Files (x86)\BIOVIA\LicensePack\share\data\msi2019.lic完成注册

Gamess

注意编译完了千万别移动文件
安装csh

1	sudo apt-get install csh

解压源代码

1	tar -zxvf gamess-current.tar.gz

配置编译环境

./config

回车
linux64
仨回车
gfortran(有大佬知道啥是armflang吗？)
另一个窗口打gfortran –v，我出来的是9.2.1 20191008，但是要输9.2
打了发现搞笑的是它居然不认……..，果然查源代码之后发现在哪选到9.1，那就自己加一个喽
其实树莓派应该可以安装Atlas(谁知道ArmPL是个啥东东)，感觉安装很麻烦，选了none
回车
虽然我安装了mpi，但是觉得没啥用，选sockets
它说选了yes需要消耗大量内存时间进行编译，我先编译出来了再说，选no
下一步是需要嘤伟达的GPU(树莓派哭晕)，选no
它说输入的信息都存储在install.info里了，请遵守readme.unix里面的内容
先编译ddi

1 2	cd ddi ./compddi

生成了data_server.x、ddikick.x、ddi_test.x、libddi.a四个文件
cd主目录，修改comp，搜索case 9.1: 后面加上9.2
接下来的操作建议在screen里操作

1	./ compall

编译的贼慢，还只能用单核编译，不过倒是跳过了很多东西，睡起来再看吧
手动执行

1	./lked gamess 00

gamess目录里建立src目录
rungms文件作如下修改：
把set TARGET=sockets下面的三行改为

1
2
3

set SCR=/app/gamess/scr
set USERSCR=/app/gamess/scr
set GMSPATH=/app/gamess

PyQuante

解压源代码

1	tar -zxvf PyQuante-1.6.5.tar.gz

安装Python开发包

1	apt-get install python-dev

编译Python源代码

1	python setup.py bdist_wheel

(这个setup.py有问题，开头少了个from setuptools import setup)

1	Pip install PyQuante-1.6.5-cp27-cp27mu-linux_aarch64.whl

输入python进入交互界面
尝试运行

1	from PyQuante.Molecule import Molecule

输入氢原子

1	h2 = Molecule('h2',[(1,(0,0,0)),(1,(1.4,0,0))])

引入HF函数

1 2	from PyQuante.hartree_fock import rhf en,orbe,orbs = rhf(h2)

计算水分子的能量

1	print "HF Energy = ",en

完美
附加安装openbabel

1	apt-get install swig openbabel python-openbabel

测试python-openbabel

1	import openbabel

还有clibint，不知道怎么安装
参考Pyquante项目

PySCF

先下载编译libcint

unzip libcint-3.0.20.zip
mkdir build; cd build
cmake -DBUILD_SHARED_LIBS=0 ..
make install

在/usr/local/lib里会多出libcint两个文件两个软连接
配置环境变量

1	export PYSCF_INC_DIR=/path/to/libcint:/usr/local/lib

下载编译libxc
Cd到目录后make
还有Python的库，值得安装

1	pylibxc-5.0.0-cp37-cp37m-linux_aarch64.whl

这个也是Octopus的最核心的库

tar -zxvf pyscf-v1.7.1.tar.gz
cd pyscf
python3 setup.py bdist_wheel
pip3 install pyscf-1.7.1-cp37-cp37m-linux_aarch64.whl

运行测试

1	import pyscf

Autodock

1	tar -zxvf autodocksuite-4.2.6-src.tar.gz

解压之后得到src文件夹，里面有dock和GUI
cd进去之后

1	./configure

开sreen后make，完了make check，然后make install，这样/usr/local/bin会多俩文件

Gromacs

先在文档里下载源代码

安装fftw

1	apt-get install libfftw3-single3 libfftw3-long3 libfftw3-double3 libfftw3-3 libfftw3-bin libfftw3-dev

生成Gromacs编译文件

tar -zxvf gromacs-2020.2.tar.gz
cd /app/gromacs-2020.2
mkdir build
cd build
cmake ..

其实包括官网的教程会在后面加一堆参数，其实不用，它会自动检查，非常方便。检查的内容包括编译器，cuda，opencl，fftw3，还能检测到ARM_NEON

开始编译

1 2	make -j4 make check

安装软件

1	make install

文件就被安装在了/usr/local/gromacs

建议写到.bashrc里

1	source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

运行完了测试一下

1	gmx -version

Castep

1.安装gfortran

1	apt-get install gfortran

2.安装liblapacke

1	apt-get install liblapacke-dev

3.开始编译

make -j4